لأملاح الكلى أسبابًا متعددة معظمها من أصل جيني أو وراثي، ترجع نسبة مئوية صغيرة إلى العمليات المعدية في البول، فهي من أخطر الأمراض التي تصيب الكلى وذلك لأنها يمكن أن تنتج عدوى معممة أو تسمم في الدم، وقد تكون قاتلة.
هناك عدد قليل من الأمراض المهيئة التي يمكن أن تسبب هذة الأملاح، أحدها هو فرط نشاط الغدة الدرقية، حيث إن هذه الغدة تنظم عملية التمثيل الغذائي للكالسيوم والفوسفور وظهور هذه الأورام، وبالتالي أي تغيير في تلك العملية يسبب ظهور تلك الحجارة في كل من الكليتين.
